Eduardo Núñez es director del NDI en Guatemala y también director del Programa de Seguridad Pública de Centroamérica. Anteriormente, se desempeñó de 2002 a 2006 como coordinador del programa de la Organización de Estados Americanos (OEA) sobre valores democráticos y gestión política en Guatemala, así como del programa de la OEA sobre fortalecimiento institucional y gobernabilidad con el Congreso de Guatemala. Se desempeñó durante ocho años como director de programas de asistencia técnica electoral para el Centro de Asesoría y Promoción Electoral del Instituto Interamericano de Derechos Humanos ( IIDH/CAPEL ), incluidos dos años como coordinador del programa de gobernabilidad y derecho a la participación política.
Tiene amplio conocimiento y experiencia como consultor en organización de procesos electorales, programas de observación electoral nacionales e internacionales, fortalecimiento de partidos políticos y programas de reforma parlamentaria. Se desempeñó como consultor del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo en materia de partidos políticos, del Banco Interamericano de Desarrollo en programas de educación política y cívica, y de la OEA en programas de democracia y gestión política.